崇一堂原位于杭州清泰街77号，属中国内地会。清同治五年(1866)英国内地会创办人戴德生牧师从上海来杭，在新巷1号(现清泰街新开弄)租下有30个房间的一处大屋，设立了杭州总部。1867年2月开设诊所，以后信徒越来越多。1867年7月开始建堂工作，并按立王南正为牧师，担任传教工作。

    光绪二十七年(1901)，他们在清泰街77号购入土地一块，1902年建成崇一堂后，即向英国内地会宣告脱离关系，定名为中国内地崇一堂教会，并向邻近县开展工作。1935年，成立中华基督教浙江内地会崇一堂教会委员会管理教会事务，并设崇一小学到1949年止。抗战时期，该堂被日寇强占作为仓库，会务停顿。抗战结束后开始恢复聚会。1958年杭州教会联合后，崇一堂及周围的土地被改为民宅和医院。

    然而，随着近年来杭州市信徒人数的不断增加，杭州市政府正式批文立项，划拨土地20亩，在钱江新城建设新教堂，堂名为“崇一堂”，意为敬崇独一真神。

    新建的崇一堂主体建筑形如一顶从天降下的会幕，不仅打破传统十架平面，用大跨度无柱悬挑楼座的风格，也大大提高了听视效果。特别值得一提的是，屋顶十字天窗和垂挂的天梯，再加上高耸50米的锥顶聚光灯点射强光，使人产生处在旷野升起的天幕苍穹之下的感觉，内心不由得充满了“敬畏”和“震撼”。

    整幢建筑处处可以看到设计师试图以现代建筑理念来对基督教信仰做一全新的诠释，以扇形分布的排排座席向礼拜堂的中央--神圣讲台汇聚，象征着人们的心灵在信实、公父和无限慈爱的神面前得以敞开并享受自由的释放。教堂的每侧都设置有疏散门，象征主的救恩是向四面八方传播的。讲台上方巨大的白色半透光微向世人倾斜；十字架上两边的钢架结构，既像天使基璐伯的翅膀，在功能上又是灯光的来源圣歌团中间白色的片状落地灯犹如鸽子飞翔，又如圣灵降下。

    崇一堂的建设从规划、设计到建成历时间近四年，其建设资金主要来自杭州和浙江省内外各地信徒的竭诚奉献，教堂的建筑从设计到工程施工人员，大多是信徒。2005年5月5日，崇一堂举行了隆重的献堂感恩正式投入使用。